VšĮ Ignalinos AE regiono plėtros agentūra įgyvendino du Europos struktūrinių fondų finansuojamus projektus:
projektas „Ignalinos AE regiono viešųjų paslaugų verslui centro infrastruktūros sukūrimas“ pagal Lietuvos 2004-2006 m. bendrojo programavimo dokumento III prioriteto „Gamybos sektoriaus plėtra“ 3.2 priemonė „Verslo aplinkos gerinimas“ 1 veiklos sritį: „Smulkaus ir vidutinio verslo paramos sistema“ (Europos regioninės plėtros fondas) ir