VšĮ Ignalinos AE regiono plėtros agentūra įgyvendino du Europos struktūrinių fondų finansuojamus projektus:

•  projektas „Ignalinos AE regiono viešųjų paslaugų verslui centro infrastruktūros sukūrimas“ pagal Lietuvos 2004-2006 m. bendrojo programavimo dokumento III prioriteto „Gamybos sektoriaus plėtra“ 3.2 priemonė „Verslo aplinkos gerinimas“ 1 veiklos sritį: „Smulkaus ir vidutinio verslo paramos sistema“ (Europos regioninės plėtros fondas) ir
• projektas „Visagino tautinių mažumų atstovų gebėjimų ugdymas, integruojantis į darbo rinką“ finansuojamas įgyvendinant Lietuvos 2004-2006 m. BPD 2.3 priemonę „Socialinės atskirties prevencija ir socialinė integracija“ (Europos socialinis fondas).