Visagino savivaldybės teritorija yra Lietuvos šiaurės rytuose. Teritorija pusės kilometro ežero juosta ribojasi su Baltarusijos Respublika. Vykstant keliais, Latvijos Respublikos siena yra maždaug už 15 kilometrų. 

Pro Visaginą eina tarptautinės reikšmės geležinkelio linija Sankt-Peterburgas – Daugpilis – Vilnius – Varšuva – Berlynas.

Savivaldybės teritorija su kitais Lietuvos regionais jungiasi geros kokybės keliais: atstumas iki sostinės 152 km, iki apskrities centro Utenos – 74 km, iki Kauno – 205 km, iki uosto Klaipėdos uosto – 401 km.